Obteniendo las muestras con sample()

Obteniendo las muestras con sample().

Debido a que los datos de las muestras agregan mucha sobrecarga (para Sudamérica, los datos de polen sobrecargara nuestro sites object más que 20 veces), por eso llamamos la función get_downloads() después de haber hecho un filtrado preliminar. Después de get_datasets(), tenemos información sufciente para filtar basados en ubicación, límites de tiempo y tipo conjunto de datos. Cuando ejecutamosget_downloads() podemos hacer un filtrado más fino a nivel de unidad de análisis o nivel de taxón.

El siguiente comando puede tomar algo de tiempo. Por eso, hemos guardado el resultado en un archivo RDS. Puedes intentar correr este comando por tu cuenta o puedes cargar el archivo RDS.

Una vez que hemos hecho la descarga, ahora tenemos información de cada sitio asociado a las unidades de colecta, los tipos de conjunto de datos, y a todas las muestras asociadas a estos conjuntos. Para extraer toda las muestras, utilizamos la función samples:

Una vez hecho esto, obtenemos un data.frame esto es una tabla con nrow(allSamp) renglones y ncol(allSamp) columnas. La razón de que esta tabla sea muy larga es porque estamos obteniendo los datos en un formato largo. Cada rengón contiene toda la información que se necesita para interpretarse correctamente:

Para algunos tipos de conjunto de datos o análisis específicos, algunas columnas podrán no ser necesarias. Sin embargo, para otros conjuntos de datos pueden ser críticamente importantes. Para permitir que el paquete neotoma2 sea lo más útil posible para todos los usuarios, hemos incluido todas las columnas posibles.

Extracción de taxones

Si quieres saber que taxones existen en los registros, puedes utilizar la función taxa() en el objeto sites. La función taxa() regresa los taxones únicos junto con dos columnas adicionales sites y samples que indican en cuantos sitios y en cuantas muestras el taxón aparece, esto nos ayuda a comprender mejor que tan común es cada taxón individual.

Entendiendo las Taxonomías en Neotoma

Las taxonomías en Neotoma no siempre son tan directas como podríamos pensar. La identificación taxonómica en paleoecología puede ser compleja y verse influenciada por la morfología del organismo, el estado de conservación del palinomorfo, la experiencia del/la analista, entre otros factores. Puedes leer más sobre este tema en la sección sobre Conceptos Taxonómicos del Manual de Neotoma.

En la base de datos utilizamos identificadores únicos (por ejemplo, taxonid, siteid, analysisunitid) porque nos permiten conectar los distintos registros entre sí. Los valores de taxonid que devuelve la función taxa() se pueden vincular con la columna taxonid en la tabla que devuelve samples(). Esto nos permite, por ejemplo, crear tablas de armonización taxonómica si lo necesitamos.

También notarás que el nombre del taxón (taxonname) aparece en el campo variablename. En Neotoma, los conteos individuales de muestras se reportan como variables. Una “variable” puede representar una especie, una medición de laboratorio o incluso un proxy no orgánico, como carbón (charcoal) o mediciones de fluorescencia de rayos X (XRF). Estas variables incluyen tanto la unidad de medida como el valor correspondiente.