La estrucura de Neotoma

La estrucura de Neotoma

Los datos en la base de datos de Neotoma están organizados como un conjunto de relaciones conectadas que permiten representar los distintos elementos de un análisis paleoecológico:

• Espacio y tiempo:
  • ¿Dónde está ubicada una muestra (latitud y longitud)?
  • ¿A qué profundidad fue tomada dentro de un perfil estratigráfico?
  • ¿Qué edad estimada tiene esa muestra?
  • ¿Qué edad tienen los elementos encontrados dentro o cerca de esa muestra?
• Observaciones:
  • ¿Qué se está contando o midiendo?
  • ¿Qué unidades se están usando?
  • ¿Quién lo observó?
• Métodos científicos
  • ¿Qué modelo estadístico se usó para calcular la edad?
  • ¿Qué tipo de incertidumbre se consideró para describir esa observación?
• Modelos conceptuales de datos
  • ¿Cómo se relacionan las observaciones dentro de una muestra con otras muestras de la misma colección?
  • ¿Cómo se vincula una observación fósil con especies actuales o extintas relacionadas?

La paleoecología es un campo amplio y en constante evolución por lo que estas relaciones pueden ser bastante complejas. Por eso, la base de datos está altamente estructurada y normalizada, lo que permite agregar nuevos conocimientos sin afectar el modelo de datos central.

Si quieres profundizar en cómo está organizada la base de datos, puedes leer el Manual de la base de datos de Neotoma o revisar directamente el esquema del modelo relacional.

Estructura de Datos en Neotoma

Figura. La estructura de sitios, colecciones o unidades de colecta, muestras y conjuntos de datos en Neotoma. Un sitio contiene una o mas colecciones. Las cronologías están asociadas a las colecciones y las muestras con datos de un mismo tipo (polen, diatomeas, vertebrados) se asignan a un conjunto de datos.

En Neotoma, los datos se asocian a sitios – ubicaciones específicas con coordenadas de latitud y longitud.

Dentro de un sitio, puede haber una o más unidades de colecta – que son los puntos específicos donde se recolectan físicamente las uestras dentro del sitio. Por ejemplo:

• Una cueva es un sitio que puede tener más de una colección, con entidades específicas (espeleotemas)
• Un sitio arqueológico puede tener una o más colecciones, como pozos dentro de una excavación.
• Un sitio de muestreo de polen puede tener varias colecciones – es decir, diferentes núcleos dentro de la cuenca del lago.
• Una ciénaga es un sitio que puede tener diversas colecciones – una transecta con varias muestras de superficie.

Las unidades de colección pueden tener coordenadas GPS de mayor resolución que el sitio general, pero siguen considerándose parte del mismo sitio.

Los datos dentro de una colección son recopilados a partir de diferentes unidades de análisis, por ejemplo:

• Todo el sedimento a 10cm de profundidad en un perfil de corte (la colección) a lo largo de un lago meándrico (el sitio) es una unidad de análisis;
• Todo el material en una muestra de superficie (colección) tomada de una ciénaga (el sitio) es una unidad de análisis;
• Todos los restos fósiles en una capa enterrada de huesos (colección) en una cueva (el sitio) también forman una unidad de análisis.

Los datos recolectados en una unidad de análisis se agrupan según su tipo de conjunto de datos (carbón, diatomeas, dinoflagelados, etc.) y se organizan como una muestra. El conjunto de muestras de una colección para un tipo de datos determinado se asigna a un conjunto de datos.

• Una muestra puede ser todas las diatomeas (conjunto de datos) extraídas del sedimento a 12 cm de profundidad (unidad de análisis) en un núcleo (colección) de un lago (el sitio).
• Otra muestra puede ser el registro de un solo hueso de mamut (muestra y unidad de análisis, tipo de datos: vertebrados) encontrado en la ribera de un río (sitio y unidad de colección).

Estructura de Datos en neotoma2

Figura. Diagrama UML del paquete neotoma2 para R. Cada recuadro representa una clase de datos dentro del paquete. Cada clase muestra su nombre, propieades y funciones que se pueden aplicar a esos objetos. Por ejemplo, un objeto sites (sitios en inglés) tiene una propiedad sites que es una lista. La función plotLeaflet() puede ser utilizada en un objeto de la clase sites.

Si observamos el diagrama UML podemos observar que la estructura de datos en el paquete neotoma2 refleja la estructura original de la base de datos.

Como veremos en la sección Búsqueda de Sitios, podemos buscar estos objetos y empezar a trabajar con ellos (en la sección Análisis Simple).

Un punto que debemos tener en cuenta, en el paquete neotoma2, la mayoría de los objetos son de la clase sites , que contienen mayor o menor información. Hay diferentes funciones que operan sobre sites. Cuando queremos obtener mayor información sobre los sitios sites, utilizamos las funciones get_datasets() o get_downloads() que pueblan con mayor información los sitios.